La basílica consta en realidad de dos iglesias: la de Sotocoro, que servía a la ciudad, y la Capilla Real y la Iglesia Conventual, que forman el cuerpo del templo.
La planta del Sotocoro repite la de la iglesia principal en menor escala, con el espacio central cubierto por una atrevida bóveda plana.
Dos altares a los lados del arco central servían para decir misas al pueblo. Entre esta sala y la Capilla Real se encuentra el coro de los seminaristas, separado por grandes vigas de bronce talladas por Guillé de Tujarón en Zaragoza. En el Sotocoro, en la planta baja, se encuentra el coro de los religiosos (no abierto al público); las sillas son del genovano José Flecha y los estuches de órgano de Enrique Cotén.
Una de las 124 sillas del ángulo suroeste es un poco más ancha: era la que usaba Felipe II para seguir los oficios en el coro. La gloria pintada en el fresco de la bóveda es de Luca Cambiaso, llamado Luqueto en España. En la parte inferior destaca el hermoso Templo del Sagrario, diseñado por Herrera y realizado por Jácome de Trezzo en 1579-1586 con diferentes tipos de mármoles españoles.
Los dos lienzos del primer cuerpo y el del medio del segundo son de Pellegrino Tibaldi y el resto de Federico Zuccaro. Esta planta sigue la del Salón Imperial de Yuste. Se puede decir que así Felipe II casi dormía sobre su tumba y rezaba bajo el lugar destinado a su propia estatua funeraria orante.
A su alrededor están sus esposas Isabel de Valois, María de Portugal (madre del príncipe Carlos, que está de pie junto a ella) y Ana de Austria. Enfrente, junto a Carlos V, armado con el manto imperial, la emperatriz Isabel (madre de Felipe II); detrás de ella su hija María de ella; y luego las hermanas del emperador.
María de Hungría y Leonor de Francia. Una de las capillas a los pies de la iglesia alberga una importante pieza de la escultura italiana del siglo XVIII, el soberbio Cristo Crucificado de mármol de Carrara, esculpido por Benvenuto Cellini entre 1559 y 1562.
Sin duda, una de las construcciones mas icónica de nuestra zona. No olvides investigar también los pasadizos de El Escorial y por supuesto, si quieres un fin de semana cultural completo, no puedes quedarte sin vivir ValhallaExperience.